SNaQ 是一种用于系统发育网络分析的统计推断方法。该流程包括分枝长度和遗传概率的数值优化和系统发育网络空间的启发式搜索。

RADseq (Restriction-site associated DNA sequencing)是在第二代测序基础上发展而来的一项基于全基因组酶切位点的简化的基因组测序技术，是简化基因组测序技术的总称。RADseq不仅实验操作简单，性价比高，更为重要的是它并不依赖参考基因组的信息，一次测序即可获得数以万计的多态性遗传标记，已然广泛用于生态学、遗传学、基因组学等研究领域。

stacks被设计用于处理任何基于限制性酶的数据，如GBS，CRoPS，sdRAD和ddRAD。stacks被设计成一个模块化流程，有效地管理和组装来自多个样本的大量短读序列。